Руководящими органами Союза являются Съезд, Совет, Президиум, Президент. Высший орган Союза – Съезд, созываемый раз в три года.
Съезд Союза уполномочен вносить дополнения, изменения и утверждать новый Устав Союза, а также, утверждать отчетные доклады Совета и Ревизионной комиссии, перспективные программы деятельности Союза. Делагаты Съезда избирают Совет, Ревизионную комиссию, в случае необходимости, могут выносить решения о реорганизации или о прекращении деятельности Союза.
Президент Союза – высшее должностное лицо СППА, представляет интересы Союза в правительственных и законодательных органах, в общественных, международных и зарубежных организациях. Президент в своей деятельности руководствуется решениями Съезда, Совета, Президиума и Уставом СППА. Президент Союза в настоящее время является членом Совета Содействия Предпринимательству (ССП), созданного указом Президента РА. ССП осуществляет свою деятельность под председательством Премьер-Министра РА.
Совет Союза – уполномочен избирать вице-президентов, создавать постоянные и временные комиссии Союза, основывать представительства, отделения Союза на территории РА и в зарубежных странах и т.д. Число членов и личный состав Совета выбирает и утверждает Съезд. Заседания Совета проводятся минимум раз в три месяца.
Президиум Союза – избирается Советом, решает вопросы о членстве в Союзе и выходе из него, а также предусмотренные Уставом вопросы. Заседания Президиума проводятся минимум раз в месяц. На заседаниях могут участвовать также члены Совета Союза с правом голоса.
Совет Союза координирует работы Союза по следующим основным направлениям:
• правовая защита предпринимателей и совершенствование экономического законодательства;
• международные отношения;
• развитие экспорта (организация бизнес-форумов, выставок и др. мероприятий);
• защита отечественного производителя;
• развитие малого и среднего бизнеса;
• содействие привлечению иностранных инвестиций;
• финансово-кредитная политика и рынок ценных бумаг;
• обеспечение качества продукции и услуг, их конкуреноспособности и сертификации;
• подготовка и переподготовка высококвалифицированных кадров для осуществления предпринимательской деятельности и участия в нем.